公民社會研究所的調查方法是否科學？香港民意研究所副行政總裁鍾劍華認為，微信在一般香港人之間並不受歡迎，「起碼香港後生仔唔會用啦。我所識嘅大部份朋友都冇用，就算用都只係用作支付用途」，難以反映港人真正意見。同時，網上問卷本身亦有限制，需要網民主動作答，無抽樣成份，而且主要受眾就是平台本身的追隨者，代表性較低。
鍾劍華估計，公民社會研究所的主要作用是幫助建制陣營在輿論陣地上鞏固自己的支持，從而爭取話語權，但可信性並不高。
過去亦曾有不少建制背景的民調機構出現，當中以香港研究協會最為著名。研究協會的創會成員以至現任理事，全部皆有建制組織「新一代文化協會」的背景，新一代文化的現任主席正是西九新動力的前區議員鄭利明。研究協會的會址更設於大公報持有的灣仔國華大廈之上。
雖然研究協會過去經常接受建制政黨以至中聯辦衞星組織的委託進行調查，但其調查方法較公民社會研究所透明，而且聲稱透過電話隨機抽樣所得出的結果，仍有一定參考價值。研究協會今年出版的「香港民意實錄2019」，顯示政府所有問責官員，其民望隨着去年社會運動不斷下降的現象，結果與鍾庭耀的香港民意研究所雷同。
中大政治與行政學系高級講師蔡子強指出，特首林鄭月娥7月宣佈押後立法會選舉之時，有特別提過她的決定獲民調支持，顯示政權在管治上，確實需要一些對其有利的民調數據，「當民意對佢不利，會話決策唔會完全根據民意；但對佢有利嘅時候，就提民調結果去支持」，因此即使某些民調機構公信力有限，政權仍會樂見其存在。
蔡子強同意，公民社會研究所的調查方法參考價值不高，只有「愛國」報章會引用，一定會被主流傳媒質疑，影響力有限，無助爭奪主流輿論，但在「迴音壁效應」下，很可能會在藍絲群組中不斷傳閱，達到圍爐取暖的效果。